História Ústavu genetiky a biotechnológií rastlín SAV začala v roku 1986 odčlenením 7 pracovníkov z Arboréta Mlyňany SAV a ich zaradením do Ústavu experimentálnej genetiky – vedecko-výskumného združenia Výskumného ústavu živočíšnej výroby a Centra biologicko-ekologických vied SAV. Na základe uznesenia predsedníctva SAV č. 36 z 22. 3. 1990 s účinnosťou od 1. 7. 1990 bol zriadený Ústav genetiky rastlín SAV. Od roku 1998 sa vedecké zameranie ústavu rozšírilo o problematiku biotechnológií a génového inžinierstva, čo viedlo k zmene názvu ústavu na Ústav genetiky a biotechnológií rastlín Slovenskej akadémie vied (ÚGBR SAV) uznesením predsedníctva SAV č. 897 z 24. 2. 1998 s účinnosťou od 1. 4. 1998.
Zlúčením Ústavu genetiky a biotechnológií rastlín SAV a Botanického ústavu SAV vzniklo v roku 2017 Centrum biológie rastlín a biodiverzity Slovenskej akadémie vied (CBRB SAV) na základe uznesenia predsedníctva Slovenskej akadémie vied č. 1069 zo dňa 8. 9. 2016 s účinnosťou od 1. 1. 2017. Predchádzalo mu vyhlásenie štatutárov Ústavu genetiky a biotechnológií rastlín SAV a Botanického ústavu SAV a predsedníčok vedeckých rád oboch ústavov, ktorým prejavili súhlas so zlúčením ústavov a s vytvorením spoločného Centra. Ústav genetiky a biotechnológií rastlín a Botanický ústav sú organizačnými zložkami Centra biológie rastlín a biodiverzity Slovenskej akadémie vied.
V rámci vedeckých pracovísk, ÚGBR CBRB SAV ako jediný svojho druhu na Slovensku, zaujíma špecifické a výnimočné postavenie, nakoľko významne prispieva k riešeniu aktuálnych problémy v oblasti genetiky a šľachtenia ekonomicky významných poľnohospodárskych plodín, ako aj významných druhov lesných a ovocných drevín.